Reverse: 1999 lấy bối cảnh ở London vào năm 1999. Trong đêm giao thừa chuyển giao giữa hai thiên niên kỉ, một "Cơn bão" đột nhiên xuất hiện. Ngay sau đó, tất cả mọi thứ trở nên hỗn loạn, thế giới trở về thời đại cổ xưa.

Người chơi hóa thân thành nhân vật "Timekeeper", người duy nhất không bị ảnh hưởng bởi "Cơn bão". Cô đã chứng kiến sự khởi đầu và kết thúc của vô số thời đại khác nhau. Trong khi đang du hành thời gian, cô ấy đã làm quen với nhiều người bạn đến từ các mốc thời gian khác nhau và các nước khác nhau và chỉ dẫn họ cách thoát khỏi "Cơn bão".[2]